آيت الله خامنه اى از سال 1337 تا 1343 در حوزه علميه قم به تحصيلات عالى در فقه و اصول و فلسفه، مشغول شدند و از محضر بزرگان چون مرحوم آيت الله العظمى بروجردى، امام خمينى، شيخ مرتضى حائرى يزدى وعلـّامه طباطبائى استفاده كردند. در سال 1343، از مكاتباتى كه رهبر انقلاب با پدرشان داشتند، متوجّه شدند كه يك چشم پدر به علت «آب مرواريد» نابينا شده است، بسيار غمگين شدند و بين ماندن در قم و ادامه تحصيل در حوزه عظيم آن و رفتن به مشهد و مواظبت از پدر در ترديد ماندند. آيت الله خامنه اى به اين نتيجـه رسيدند كه به خاطر خدا از قــم به مشهد هجرت كنند واز پدرشان مواظبت نمايند. ايشان در اين مـورد مى گويند:

آيت الله خامنه اى كه از هيجده سالگى در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد مرجع بزرگ مرحوم آيت الله العظمى ميلانى شروع كرده بودند.

در سال 1336 به قصد زيارت عتبات عاليات، عازم نجف اشرف شدند و با مشاهده و شركت در درسهاى خارج مجتهدان بزرگ حوزه نجف از جمله مرحوم سيد محسن حكيم، سيد محمود شاهرودى، ميرزا باقر زنجانى، سيد يحيى يزدى، و ميرزا حسن بجنوردى، اوضاع درس و تدريس و تحقيق آن حوزه علميه را پسنديدند و ايشان را از قصد خود آگاه ساختند. ولى پدر موافقت نكرد. پس از مدّتى ايشان به مشهد باز گشتند.

منبع:نرم افزارسید المجاهدین